Năm Kiến Văn thứ 4 (1402), tháng 7 ÂL, Yên vương Chu Đệ tức vị, tức Minh Thành Tổ. Cùng năm ấy, vào tháng 11 ÂL, Yên vương phi được sách lập làm Hoàng hậu.

Từ Hoàng hậu là người có học vấn, lễ độ, bà tương trợ rất nhiều cho Chu Đệ trong việc yên ổn nhân tâm, bà nói: ["Mỗi năm nam bắc chinh chiến không ngừng, binh dân đều đã mỏi mệt bất kham, hiện tại nên vỗ về cho họ nghỉ ngơi"]. Sau đó lại tiếp: ["Hiền tài bây giờ đều là do Cao Hoàng đế thu nhận, bệ hạ đừng nên nghi người mới thân người cũ. Hơn nữa, Đế Nghiêu thi hành nhân trị, là từ thân nhân của chính mình mà bắt đầu"]. Chu Đệ đối với tiến ngôn của bà luôn đánh giá cao và tiếp thu[5]. Cũng vào lúc Tĩnh Nam chi biến xảy ra, Từ gia chia thành hai phe. Trưởng đệ của Từ thị là Từ Huy Tổ đứng về phe đối đầu với Chu Đệ bảo vệ Minh Huệ Đế, trong sự kiện Lý Cảnh Long công phá Bắc Bình còn có sự giúp đỡ của Huy Tổ. Vì muốn giúp chồng hoàn thành đại nghiệp, Từ thị đã đau đớn gạt bỏ tình thân đứng thế đối đầu với chính em trai ruột mình, bỗng chốc từ chị em trở thành kẻ địch. Sau khi Chu Đệ thành công soán vị, Huy Tổ không phục, nhưng vì Minh Thái Tổ có lệnh "Hậu duệ của Trung Sơn vương được miễn tội chết" nên ông chỉ bị giam cầm trong nhà. Em trai khác của bà là Từ Tăng Thọ, vì thường giúp Yên vương dò la tin tức nên bị hại chết. Sau khi Chu Đệ lên ngôi, đề nghị truy phong, bà không nhận, nhưng ông nhất quyết tặng làm Định Quốc công (定國公). Sự thành, Chu Đệ mới nói cho bà biết, bà nói: ["Việc này không phải ý của thiếp"], tỏ ý không vui[6].

Đối với nội trị của Chu Đệ, Từ Hoàng hậu đặc biệt quan tâm đối đãi các lão thần phò trợ ông, nên phần nào giúp Chu Đệ trong việc thu phục nhân tâm. Bà từng nói 2 con trai thứ là Hán vương cùng Triệu vương phẩm tính bất lương, nên chú ý chọn hiền tài. Có một ngày, bà hỏi: ["Bệ hạ là cùng những quan viên nào trị lý quốc gia?"], ông đáp: ["Lục khanh quản lý chính vụ, còn Hàn Lâm viện là phác thảo công văn"]. Từ Hoàng hậu nghe vậy, cho triệu các mệnh phụ là vợ của các quan viên vừa kể trên, ban thưởng cho họ và thường trò chuyện với họ, nói rằng: ["Thê tử phụng dưỡng trượng phu, đâu chỉ là chuẩn bị đồ ăn, quần áo mà thôi, hẳn là còn có những vấn đề khác đáng lưu tâm. Bằng hữu nói, thì có thể thuận theo, cũng có thể vi phạm; nhưng mà vợ chồng nói với nhau, tắc uyển chuyển dễ nghe, dễ hạp lòng người. Ta sớm chiều phụng dưỡng Hoàng thượng, chỉ dốc lòng muốn vì bá tánh, các ngươi cũng nên cổ vũ trượng phu của mình như vậy"]. Từ Hoàng hậu còn cho ban hành cả nước cuốn Nội huấn (內訓) gồm 20 thiên; còn cho trích lời gia huấn cổ nhân mà viết thành Khuyến thiện thư (勸善書), để giảng công đức cho phụ nữ khắp cả nước và truyền bá tư tưởng quy thiện cho nhân dân thiên hạ. Việc làm của bà giúp Chu Đệ lấy được nhân tâm, giúp đỡ xóa nhòa đi việc cướp ngôi của Chu Đệ[7].